На оглашении приговора Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву было заявлено: суд установил, что М.Ходорковский и П.Лебедев в составе преступной группы совершили мошенническое завладение 44% акций ОАО "НИУИФ", совершили злостное неисполнение судебного решения по возврату этого пакета акций государству. Как следует из приговора, также они совершили хищение путем присвоения чужого имущества - выручку, полученную от реализации продукции ОАО "Апатит" (апатитового концентрата).
В 1995г. М.Ходорковский и П.Лебедев в составе преступной группы разработали план и распределили роли по незаконному завладению 44% акций НИИ по удобрениям и инсектофунгицидам им.Я.Самойлова (НИУИФ) в количестве 6 тыс. 545 общей номинальной стоимостью 130 млн 900 тыс. руб., рыночная стоимость которых составляла 5 млрд 236 млн неденоминированных рублей, и правом распоряжаться двумя зданиями в центре Москвы рыночной стоимостью более 40 млрд неденоминированных рублей. Были подготовлены заведомо подложные документы и организованы подставные коммерческие организации, подконтрольные М.Ходорковскому и П.Лебедеву. Представив заведомо подложные документы, М.Ходорковский и действующие с ним члены организованной группы ввели в заблуждение должностных лиц РФФИ и членов конкурсной комиссии по финансовой состоятельности АОЗТ "УОЛЛТОН", подконтрольной М.Ходорковскому и П.Лебедеву. В итоге 12 сентября 1995г. инвесткомиссия признала победителем инвестконкурса по продаже 44% акций НИУИФ компанию "УОЛЛТОН", и пакет акций НИУИФ был передан этой компании. Однако летом-осенью 1997г. РФФИ стало известно о невыполнении АОЗТ "УОЛЛТОН" своих инвестиционных обязательств перед НУИУФ. В связи с этим по иску РФФИ Арбитражный суд Москвы в декабре 1997г. вынес решение о расторжении договора купли-продажи пакета акций НИУИФа и возврате акций в собственность государства. Однако М.Ходорковский и П.Лебедев совершили злостное неисполнение этого судебного решения, переоформив акции с баланса "УОЛЛТОНа" в собственность третьих коммерческих фирм, также подконтрольных М.Ходорковскому и П.Лебедеву.
Также М.Ходорковский и П.Лебедев в составе группы совершили присвоение чужого имущества - денежных средств, полученных от реализации апатитового концентрата. М.Ходорковский, пользуясь правом стратегического и оперативного управления за деятельностью ОАО "Апатит", отобрал у руководства предприятия правомочия распоряжаться выработанной продукцией и передал их (правомочия) подконтрольным ему членам преступной группы. В период 1995-2000г. компании, подконтрольные М.Ходорковскому и П.Лебедеву, продавали продукцию "Апатита" своим посредникам по заниженной цене, а те в свою очередь перепродавали ее зарубежным предприятиям по рыночной цене. Полученная разница М.Ходорковским, П.Лебедевым и другими членами орггруппы обращалась в свою пользу. Таким образом, М.Ходорковский и П.Лебедев причинили ущерб другим акционерам, лишившимся права на дивиденды от чистой прибыли. В итоге за период 2000-2002гг. из-за действий М.Ходорковского, П.Лебедева и других членов орггруппы чистая прибыль "Апатита" была занижена более чем на 6 млрд руб., что причинило крупный ущерб государству.
