В производстве Арбитражного суда г.Москвы находится на рассмотрении более 30 исков налоговых органов (ФНС РФ и региональные инспекции) о взыскании с НК "ЮКОС" доначисленных налогов, штрафов и пени за 1999-2002гг. Как сообщили РБК в суде, налоговые органы также требуют с нефтяной компании взыскание исполнительского сбора из-за неперечисления в установленный срок денежных средств по решению суда. Кроме того, в суде слушаются ряд заявлений ЮКОСа о незаконности актов налоговиков о доначислении налогов за этот период, отметили в суде.

Нефтяная компания и ОАО "Юганскнефтегаз" (бывшая дочерняя структура ЮКОСа) также обжаловали в суде постановления судебных приставов-исполнителей о наложении ареста на имущество дочерних структур ЮКОСа в рамках исполнительного производства. В период с 26 мая 2004г. Арбитраж Москвы удовлетворил большинство исковых заявлений налоговых органов о взыскании с ЮКОСа доначисленных налогов, штрафов и пени за 1999-2002гг. на сумму около 600 млрд руб.

В настоящее время в Арбитражном апелляционном суде Москвы и Федеральном арбитражном суде Московского округа проходят слушания по жалобам на эти решения, а по делу о взыскании долга за 1999г. в размере более 99 млрд руб. ЮКОСом уже направлено заявление в Высший арбитражный суд РФ об отмене решений нижестоящих судов.

По мнению налоговиков, "НК "ЮКОС" совершала умышленные действия по искусственному оформлению оборотов с нефтью и нефтепродуктами через специально созданные организации, зарегистрированные в регионах со льготным налогообложением". Эти, зависимые от ЮКОСа организации, считают в налоговом ведомстве, не выполняли требования, необходимые для предоставления налоговых льгот. В связи с этим, налоговые органы вынесли решения о доначислении налогов и подали иски в суд. Часть денежных средств списывается с нефтяной компании во внесудебном порядке.