Осенью 1999 г. у ЦМД был изъят реестр акционеров ОАО "УралАЗ". Следствие становило, что при ведении реестра были допущены серьезные нарушения. На квартире у руководителя автозаводского центра собственности А. Макарова были изъяты пустые бланки ЦМД – договоры купли-продажи.

В июле 2000 г. заместитель министра энергетики Виктор Кудрявый обвинил РАО "ЕЭС России" в нарушениях при проведении голосования на собрании акционеров. Он направил председателю ФКЦБ Игорю Костикову письмо с просьбой проверить соблюдение реестродержателем РАО – ЦМД – требований конфиденциальности при подсчете голосов. Замминистра МАП Александр Зайцев потребовал от "Мосэнерго" предоставить документы, касающиеся готовящейся передачи реестра компании в ЦМД. Документы были необходимы для проводимого МАП расследования законности избрания ЦМД уполномоченным регистратором РАО «ЕЭС», а также проверки «фактов нарушения антимонопольного законодательства».

В сентябре 2000 г. Московский арбитражный суд рассмотрел вопрос о введении в ЦМД процедуры временного управления и назначил временного управляющего Александра Овчинникова. Поводом для такого решения послужило уголовное дело, возбужденное в 1998 г. по факту мошенничества с акциями ОАО "Тюменьтелеком", нанесшего материальный ущерб его акционерам. ЦМД, как реестродержатель "Тюменьтелекома", был вынужден оплатить потери акционеров, и только после этого внешнее управление на ЦМД было отменено. За это время А. Овчинников провел анализ финансовой документации ЦМД и выявил многочисленные финансовые нарушения, свидетельствующие о злоупотреблениях руководителей компании.

Осенью 2000 г. государственная компания "Транснефть" решила сменить регистратора, отказавшись от услуг ЦМД, поскольку ЦМД к этому моменту оказался втянутым сразу в несколько скандалов.

В январе 2001 г. ФКЦБ предписала приостановить все операции по переоформлению акций в реестре акционеров "Мордовэнерго", поскольку у компании оказалось два реестродержателя – "Панорама" и ЦМД. Ранее реестр велся Саранским регистрационно-депозитарным центром (СРДЦ). Причем в самом ЦМД отмечали, что реестр получили не от предыдущего регистратора, как того требует законодательство, а от самого эмитента. Позже гендиректор СРДЦ распространил заявление, из которого следовало, что ЦМД ведет реестр незаконно.

В августе 2002 г. ФКЦБ отозвала лицензию у "дочки" ЦМД – компании "Энергорегистратор". Причиной стали действия руководства компании, которые привели, по мнению комиссии, к возникновению двойных реестров нескольких компаний.

В октябре 2002г. ЦМД принял участие в конфликте между акционерами Московского НПЗ, в результате чего возникла угроза появления у МНПЗ двойного реестра.

В декабре 2002 года ЦМД в нарушение принципов независимости на рынке ценных бумаг продал одной из спорящих за кондитерский концерн «Бабаевский» сторон контрольный пакет своего дочернего общества реестродержателя ЗАО "Московский фондовый центр". Из ЦМД в МФЦ был переведен реестр «Бабаевского», что отразилось на ситуации в споре вокруг концерна.

В ходе ревизии ликвидированной в феврале 2003 года Государственной инвестиционной корпорации ("Госинкор"), ее правопреемник – Министерство имущественных отношений РФ – не обнаружило 13,56% акций Таганрогского авиационного научно-технического комплекса (ТАНТК) им. Бериева, единственного в России разработчика уникальных самолетов-амфибий. Как выяснилось, в апреле 2003 года этот пакет акций ОАО «ТАНТК им. Бериева» был незаконно списан со счета ЦМД. В результате распоряжение находившимися в федеральной собственности активами в стратегически важной отрасли перешло к неизвестным до сих пор третьим лицам. По имеющимся данным, после списания пакет акций ТАНТК был распылен и многократно перепродан – как считают наблюдатели, намеренно.

В июне 2003 г. ФКЦБ объявила о нарушениях, обнаруженных в работе ЦМД, и рассматривала вопрос о приостановке лицензии регистратора. В официальном сообщении комиссии было сказано, что ЦМД не соответствует ее лицензионным требованиям. Председатель правления ЦМД Н. Агафонова не могла занимать руководящие должности в компании – профучастнике рынка, поскольку была гендиректором "Энергорегистратора" в момент аннулирования его лицензии.

В октябре 2003 г. дочка ЦМД – "Энергорегистратор" – была фигурантом уголовного дела против генерального директора Энгельсского завода топливных фильтров, депутата районного собрания Алексея Богданова. Депутата признали виновным в том, что он незаконно переоформил на себя акции, принадлежавшие бывшему заместителю генерального директора завода Александру Ванзину. Ванзин скончался 25 августа2002 г., а в первой половине сентября, по мнению суда, в офис фирмы "Энергорегистратор" в Саратове, которая вела реестр акционеров завода топливных фильтров, явился Богданов с неким неизвестным, которого он представил сотруднице "Энергорегистратора", как Ванзина. В итоге сделка о купле-продаже акций была проведена от лица покойника и задним числом.

В марте 2004 г. представители следственного комитета МВД провели обыски в офисе ЦМД. Обыски проводились в рамках уголовного дела в отношении ЗАО "Энергорегистратор".

В мае 2004 г. ЦМД оказался замешан в скандале вокруг покупки акций "Алтайэнерго". Трансфер-агент ЦМД в Барнауле нарушал требования ФКЦБ, а центральный офис ЦДМ в ответ на жалобу клиента сообщил, что знаком с проблемой, но не планирует принимать в этой связи никаких конкретных действий.