28 апреля 2003 года генпрокурор Владимир Устинов передал президенту Владимиру Путину письмо, в котором содержались результаты проверки обстоятельств продажи акций ОАО "Апатит". В письме, которое адвокаты "ЮКОСа" передали журналистам "Газеты", говорится, что оснований для возбуждения уголовного дела в случае с "Апатитом" нет.
Президент поручил Генпрокуратуре проверить обстоятельства продажи акций компании еще 16 декабря 2002 года. С такой просьбой к президенту обратился губернатор Новгородской области Михаил Прусак. Речь идет об обвинении в хищении государственного пакета акций мурманской компании "Апатит" на сумму более 280 миллионов долларов. В 1994 году 20-процентный пакет акций комбината, принадлежавший государству, приобрело всего за 225 тысяч долларов АОЗТ "Волна", якобы подконтрольное "МЕНАТЕПу". По условиям конкурса, "Волна" должна была инвестировать в "Апатит" 280 миллионов долларов. Однако выполнить этот грандиозный план не удалось, и в 1998 году по иску Минимущества договор купли-продажи с фирмой "Волна" был расторгнут. Акции не были возвращены, так как к этому времени они уже были проданы третьим фирмам, подконтрольным, по некоторым данным, также "МЕНАТЕПу". В результате в Арбитражный суд Москвы был подан иск со стороны РФФИ. 19 ноября 2002 года стороны заключили мировое соглашение, которое тут же утвердил суд. Согласно ему с ЗАО "Волна" было взыскано в пользу государства 478 миллионов рублей. При этом снимались все претензии по поводу возврата акций. Михаил Прусак полагал, что сумма ущерба была значительно занижена и это нарушило интересы государства.
Однако Владимир Устинов счел, что "в компетенцию Генпрокуратуры РФ не входит определение рыночной стоимости пакета акций ОАО "Апатит", размера причиненного ущерба, а также экономической целесообразности заключения мирового соглашения в целом".
В своем письме генпрокурор назвал тех, в чью компетенцию входят эти действия: правительство, Минфин, Минимущество, Минэкономразвития. И направил во все эти структуры соответствующие требования.
Далее в письме говорится о том, что "в ходе организованной Генпрокуратурой проверки с участием заинтересованных министерств и ведомств доводы губернатора Новгородской области о нарушении ОАО "Апатит" антимонопольного и налогового законодательства своего объективного подтверждения не нашли". Учитывая все эти факты, генпрокурор сделал вывод, что "оснований для реагирования Генпрокуратуры не имеется".
Однако через три месяца в июле 2003 года по этому делу был арестован глава "МЕНАТЕПа" Платон Лебедев, одновременно являющийся совладельцем нефтяной компании "ЮКОС".
